Valtiokonttori muodostuu osastoista ja niitä tukevista toiminnoista. Valtiokonttoria johtaa pääjohtaja. Pääjohtaja, Valtiokonttorin osastonjohtajat, Viestintä-yksikön johtaja ja henkilöstön edustaja muodostavat johtoryhmän.
Johtoryhmä
Osastot
Valtiokonttorin neuvottelukunta
Neuvottelukunta tukee Valtiokonttorin strategista suunnittelua. Neuvottelukunnan Valtiokonttorin esityksestä asettaa valtiovarainministeriö
Neuvottelukunta 1.1.2025–31.12.2027
Kansliapäällikkö Juhani Damski, ympäristöministeriö
Pääjohtaja Antti Koivula, Työterveyslaitos
Johtokunnan varapuheenjohtaja Marja Nykänen, Suomen Pankki
Alivaltiosihteeri Elina Pylkkänen, työ- ja elinkeinoministeriö
Pääjohtaja Jarkko Saarimäki, Liikenne- ja viestintävirasto Traficom
Pääesikunnan päällikkö, kenraaliluutnantti Vesa Virtanen, Puolustusvoimat
Pääjohtaja Liisa Räsänen, Valtiokonttori
Valtiokonttorin henkilöstön edustaja: tekninen projektipäällikkö Riitta Mustikkamäki