Valtiokonttorin organisaatio uudistettiin 1.1.2002. Valtiokonttorin toimintaorganisaation muodostivat kertomusvuonna Hallinnon ohjaus -, Rahoitus- ja Vakuutustoimialat. Pääjohtajan alaisuudessa toimivat lisäksi sisäiset tukitoiminnot. Valtiokonttorin operatiivisen toiminnan onnistumisen vuoksi valtio sai eräitä merkittäviä hyötyjä. Niistä kolme oli selvästi ylitse muiden: Ensimmäinen oli joustava sopeutuminen rahoitusmarkkinoiden muutokseen, jonka tuloksena valtion velkakantaa onnistuttiin rakenteellisesti muokkaamaan velanhoitomenoja selvästi alentavalla tavalla. Toinen oli valtion maksuliikkeen onnistunut kilpailuttaminen, joka johti maksuliikepankin vaihtamiseen ja kustannustason selvään laskuun. Kolmas suurhyöty oli pitkäjänteiseen kehitystyöhön perustuva eläkevakuutetun henkilöstön eläköitymisiän nousun jatkuminen.

Suuri rakenteellinen uudistus kertomusvuonna oli Vakuutustoimialan muodostaminen. Tietotekniikassa useat järjestelmähankkeet tulivat käyttöönottovaiheeseen. Niistä mainittakoon mm. antolainauksen järjestelmä Laiho, operatiivinen treasuryjärjestelmä FinanceKit sekä intranet SiNetti ja kotisivuston uudistustyö. Nämä kaikki vaativat huomattavia ponnistuksia ja lopputulokset olivat hyviä.

Vuonna 2002 Valtiokonttori otti käyttöön uuden sisäisen ohjausmallin, jonka keskeisenä tavoitteena oli siirtää ohjausta konsernitasolta toimiala- ja yksikkötasolle. Valtiokonttorin ohjausmalli perustuu Balanced Score Card:iin ja eurooppalaisen EFQM -mittariston mukaiseen toiminnan ja tulosten laadun arviointiin.

Kaiku-työhyvinvointiohjelma valtion virastoille ja laitoksille käynnistyi 6.9.2002. Valtion työntekijöistä puolet eli n. 60.000 siirtyy eläkkeelle seuraavan kymmenen vuoden aikana. Tämä merkitsee paitsi kasvavia eläkekustannuksia myös kovaa kilpailua osaavasta työvoimasta. Valtiokonttorin Kaiku -työhyvinvointiohjelma on yksi valtionhallinnon vastaus näihin haasteisiin. Kehittämällä ja tukemalla työhyvinvointitoimintaa ohjelma pyrkii vähentämään työntekijöiden eläkehakuisuutta ja lisäämään valtion töiden houkuttelevuutta.

Vuoden 2003 alusta lukien kaikkien valtiovarainministeriön alaisten virastojen johtokunnat lakkautettiin ja virastot muuttuivat puhtaiksi päällikkövirastoiksi, Valtiokonttori mukaan lukien. Muutos toteutettiin muuttamalla lakia ja asetusta Valtiokonttorista. Johtokunnan aikaisemmin käsittelemät asiat siirtyivät pääjohtajalle, jolla on yleistoimivalta ratkaista Valtiokonttorissa käsiteltävät asiat.

Valtiokonttoriin asetettiin kertomusvuonna Valtiokonttoria koskevan asetuksen mukainen viraston strategista suunnittelua tukeva neuvottelukunta. Neuvottelukuntaan kuuluu pääjohtaja ja enintään seitsemän muuta jäsentä, joista yksi on Valtiokonttorin henkilöstön keskuudestaan valitsema. Valtiovarainministeriö nimeää Valtiokonttorin esityksestä neuvottelukunnan muut jäsenet määräajaksi, jäsenet edustavat Valtiokonttorin sidosryhmiä ja asiakkaita.

Valtiokonttori käynnisti valtiovarainministeriön hallinnonalastrategiaa tukien valtionhallintotasoisen tukipalvelujen tuotteistamishankkeen, jolla tähdätään laajaan ja syvään toimintatavan muutokseen valtion virastoissa.

Odotettavissa oleva voimakas eläköityminen seuraavan kymmenen vuoden aikana ja siitä seuraava kilpailu työvoimasta sekä samanaikainen taloudellisten voimavarojen niukkuus asettivat suuria odotuksia valtion kaikkien toimintojen tuottavuuden ja laadun merkittävälle parantamiselle. Valtiokonttoriin kohdistuivat erityisesti hallinnon tukipalvelujen kehittämisen ja tuottavuuden parantamisen odotukset. Hallinnon ohjaus -toimiala käynnisti kertomusvuonna laaja-alaisen, monivuotisen ja verkostoitumista hyödyntävän valtion tukipalveluja koskevan kehittämisohjelman, Kieku-ohjelman. Kieku-ohjelma yhdistää toiminnassaan valtiotasoisen tuotekehityksen ja hallinnonalojen palvelukeskushankkeiden tukemisen siten, että valtion talous- ja henkilöstöhallinto voisi verkostomaisesti toimien kohottaa tuottavuutta ja palvelukykyä.

Eläkeuudistuksen toimeenpano oli vuonna 2004 Valtiokonttorin suurin ja kallein yksittäinen tehtävä. Sen toteuttamiseksi perustettiin vuosille 2004–2008 viiteen erilliseen hankkeeseen jaettu VEL-2005 -ohjelma, jonka tietohallinnolliset investoinnit maksavat yhteensä noin 21 miljoonaa euroa.

Tuleviin johtamishaasteisiin varautumiseksi Valtiokonttorissa käynnistettiin laaja kaikkiin esimiehiin ja osaan asiantuntijoita kohdistuva Esikko-nimen saanut valmennusohjelma. Ohjelma kestää vuoden 2006 kesään saakka. Kertomusvuoden aikana Rahoitus- ja Hallinnon ohjaus -toimialat sekä osa Yhteisistä toiminnoista saivat uudet, pääosin avotilaa olevat toimitilat Hakaniemen Ympyrätalosta.

Valtiokonttori valmisteli vuoden aikana talous- ja henkilöstöhallinnon palvelukeskuksen perustamista. Käytännön toteutusta tehtiin Valtiokonttorin aiempien asiakkaiden kanssa koko vuoden ajan. Marraskuun alusta mukaan tuli ensimmäinen uusi asiakas. Omana organisaatioyksikkönään Valtiokonttorin palvelukeskus (VKPK) aloitti 1.1.2006. Kertomusvuonna kehitettiin myös edelleen talous- ja henkilöstöhallinnon prosesseja ja painopisteenä oli eri hallinnonaloilla käynnistyvien palvelukeskusten toiminnan tukeminen. Kieku-ohjelmassa kehitetty kustannushyötyväline otettiin hallinnonaloilla käyttöön. Hallinnonalojen henkilöstön liikkuvuuden hallintajärjestelmän käyttöönottoprojekti Heli aloitettiin.

Valtion velanhoidon suurin muutos vuoden 2005 aikana oli vertailusalkkuun perustuvan velanhallintamallin, ja siihen liittyen tuloslaskennan käyttöönotto. Tämä on vaikuttanut syvällisesti toiminnan luonteeseen. Valtiovarainministeriön päättämä vertailusalkku määrittää budjettivelan korkoriskiä koskevan strategisen tavoitteen. Vertailusalkun käyttöön perustuvaa velanhallintamallia uudelleen arvioidaan vuosittain. Vuosi 2005 oli testiajanjakso vertailusalkun käyttöönotossa.

Eläkelakiuudistuksen toimeenpano jatkui. Valtioneuvoston päätettyä 30.12.2004, että Aasian luonnononnettomuuden aiheuttamat ylimääräiset kustannukset korvataan valtion varoista siltä osin kuin ne eivät kuulu muiden maksettaviksi, Valtiokonttori korvasi ns. evakuointilentokustannuksia lentoyhtiöille sekä matkanjärjestäjille 2,3 milj. euroa, minkä lisäksi korvattiin mm. vainajien kotiinkuljetuksesta aiheutuneita kustannuksia, pelastus- ja avustustyökustannuksia sekä sairaanhoitokustannuksia siten, että Valtiokonttorin maksamat korvaukset olivat yhteensä n. 3 milj. euroa.

Valtiokonttorin alueellinen toimipiste perustettiin 1.2.2005 Hämeenlinnaan aluksi eläkepalvelutehtäviä hoitamaan. Kertomusvuoden lopussa Hämeenlinnassa toimi jo 10 henkeä käsittävä Eläkepalvelut-linjan yksi toimisto. Loppuvuodesta Hämeenlinnaan on sijoittunut myös perustetun Valtiokonttorin palvelukeskuksen kaksi työntekijää.

Valtiokonttori 130 vuotta. Konserninäkökulmalle on samanlaista kysyntää kuin 130 vuotta sitten, jolloin Valtiokonttori perustettiin hoitamaan pariakymmentä valtion menoja rahoittavaa valtion rahastoa. Viimeisen kahden vuosikymmenen aikana on sisäisen hallinnon toimivallan hajauttamisen heiluri saavuttanut ääriasentonsa ja uuden keskityksen aika on alkanut. Alkanut muutostrendi ulottuu koko sisäisen hallinnon ja tukipalvelujen toimintakenttään läpi koko valtionhallinnon. Valtiokonttorin rooli on valtiovarainministeriön työrukkasena ohjata ja tukea talous- ja henkilöstöhallinnon peruspalvelujen tuottaminen erillisten palvelukeskusten hoitoon.

Valtiokonttorin palvelukeskus kasvaa, asiakkaina oli toukokuun alussa jo 12 valtion organisaatiota. Henkilökuntaa palvelukeskuksella oli samana ajankohtana 28, joista kolme Hämeenlinnan toimipisteessä. Porin toimipiste osoitteessa Valtakatu 15 avataan heinäkuun alussa.

Kuntoutussäätiön hallitus myönsi vuoden 2006 Kuntouttajamitalin Valtiokonttorin Kaiku-palveluille. Palkinnon myöntämisen perusteena oli, että Kaiku-palveluilla on kehitetty työyhteisöjä kokonaisvaltaisesti. Palkinnon luovutustilaisuudessa painotettiin, että Kaiku-palveluiden tulokset ovat olleet vaikuttavia, tarkasteltiinpa vaikuttavuutta sitten työkyvyttömyystilastoiden tai asennemuutosten valossa. Palkinto luovutettiin Valtakunnallisilla Kuntoutuspäivillä 9.3.2006.

Valtiokonttorin perustoiminnan tuloksellisuus oli vuoden 2007 aikana aikaisemmilta vuosilta totutulla hyvällä tasolla. Valtiokonttorin valtiotasoisesti merkittävimmät hankkeet, työhyvinvointia ja henkilöstöriskien hallintaa kehittävä Kaiku ja valtion talous- ja henkilöstöhallinnon prosessien, toimintatapojen sekä tietojärjestelmien kehittämis- ja yhtenäistämishanke Kieku etenivät vuoden aikana suunnitellulla tavalla.

Valtiokonttoriin kohdistuu uusia odotuksia ja tarjolla on uusia tehtäviä. Vuoden 2007 alkupuolella Valtiokonttorin johto hahmotteli viraston tulevaisuutta ja työn tuloksena syntyi ns. tulevaisuuslakana, johon on nimetty sellaiset valtiokonsernitason tehtävät, joissa Valtiokonttorilla ajatellaan olevan toteuttajan rooli tulevaisuudessa. Näistä osa on jo toteutumassa; tärkeimpänä mainittakoon Valt-It -palvelukeskus, jonka käytännön toteutuksen suunnitteluun irrotettiin syksyllä 2007 Valtiokonttorin tietohallintojohtaja runsaan vuoden määräajaksi.

”Valtiokonttorin päätoimipisteen peruskorjaus Sörnäisten Rantatiellä valmistui kesän alussa ja pääsimme juhannuksen alla muuttamaan uusittuihin tiloihimme. Teknisen uudistamisen ohella peruskorjaus toi samalla valtaisan muutoksen työkulttuuriimme, kun siirryimme yhden hengen huoneista yhteisöllisiin avotiloihin. Yksittäisen työntekijän näkökulmasta kyseessä oli iso asia, mutta hyvän ja osallistavan kulttuurimuutoshankkeen avulla olemme nähdäksemme pärjänneet tässäkin suhteessa ihan hyvin. Tälläkin muutoksella tavoittelemme sisäiseen toimintaamme entisestäänkin lisää avoimuutta, luovuutta ja yhteisöllisyyttä, jotta arvojemme mukainen toiminta yhteiskunnan ja asiakkaiden eduksi – oma kehittyminen ja hyvinvointi varmistaen – edelleen etenisi.”, totesi pääjohtaja Timo Laitinen vuoden 2008 vuosikertomuksessa.

Ulkoista toimintaympäristöä leimasi koko vuoden ajan valtion hallinnon uudistamishankkeet, joissa lähes kaikissa Valtiokonttorilla on jonkinlainen operaattorin rooli.  Valtion henkilöstöpalvelut -yksikkö sai alkunsa maan hallituksen kehyspäätöksen myötä keväällä 2008. Siitä lähtien olemme valmistautuneet palvelemaan valtion toimintayksiköitä henkilöstön liikkuvuuteen liittyen. Kaikkein suurin yksittäinen ponnistuksemme vuoden 2008 aikana oli koko budjettivaltiota palvelevan yhteisen talous- ja henkilöstöhallinnon tietojärjestelmän rakentamisen käynnistäminen. Kyseessä oli pitkälle ensi vuosikymmenelle ulottuva hanke, jonka myötä tavoitellaan mittavia laatu- ja tuottavuushyötyjä.

Valtion IT-palvelukeskus aloitti osana Valtiokonttoria 1.1.2009. Vuonna 2009 globaalin finanssikriisin vaikutukset tuntuivat voimakkaasti myös Suomessa ja aiheuttivat Suomen taloushistorian suurimman reaalitalouden laman. Suomalainen finanssimaailma sen sijaan välttyi kriisiltä. Talouslaman vaikutuksia joudutaan korjaamaan vielä koko tämä vuosikymmen. Vuoden 2009 tapahtumat tulevat valitettavasti jäämän paitsi taloushistoriaan niin myös historiaan yleisestikin.

Valtiokonttorille nämä vaikutukset näkyivät kahdella tavalla: merkittävästi lisääntynyt valtiontalouden alijäämä työllisti Valtiokonttoria lisääntyneen valtionvelan ottamisen kautta, ja toisaalta Valtiokonttorille valtion virastona – niin kuin muillekin virastoille – talouden kiristyminen merkitsi tulevina vuosina erittäin tiukkaa talouskuria. Vuoden 2009 aikana valtion bruttolainanotto kasvoi 12.8 miljardia ja nettolainanotto 11.9  miljardia.  Vuoden lopussa valtion velka oli 37,2  prosenttia bruttokansantuotteesta. Olimme kuitenkin onneksi vielä kaukana 1990-luvun laman huippuluvuista, jolloin valtion velka oli enimmillään 68 prosenttia bruttokansantuotteesta. Julkisen hallinnon tasolla oli jo käynnistetty kaikki mahdolliset toimenpiteet niin kutsutun kestävyysvajeen kiinni kuromiseksi.

Valtiokonttori, Keva  ja valtionvarainministeriö saivat vuonna 2010 päätökseen valmistelut Valtiokonttorin hoitamien henkilöasiakkaiden eläkkeiden toimeenpanotehtävien siirtämisestä Kevaan. Tasavallan presidentti vahvisti siirtoa koskevat lainmuutokset 4.6.2010.

Valtion IT-palvelukeskuksen VIPin toiminta valtion yhteisten IT-palvelujen kehittämisessä  ja tuottamisessa vauhdittui entisestään. Vuonna 2010 otettiin tuotantoon ensimmäiset ns. kärkihankkeet. VIPin toiminta loi uskoa siihen, että valtion ITC-infrastruktuurin vieminen konsernimaiseen malliin on valtionhallinnon kannalta paitsi järkevä niin myös tehokas tapa organisoida valtion tietojärjestelmiä. Valtiokonttorin Kieku-tietojärjestelmähanke saatiin valmiiksi. Hankkeessa yhtenäistettiin valtion talous- ja henkilöstöhallinnon toimintatapoja, prosesseja ja tietorakenteita.

Valtiokonttorin palvelukeskus VKPK yhdistyi 1.1.2010 toimintansa aloittaneeseen Valtion talous- ja henkilöstöhallinnon palvelukeskukseen. Henkilökunnan ja palvelutoiminnan myötä palvelukeskukseen siirtyi samalla koko Valtiokonttorin palvelukeskuksen aluetoimipisteverkosto, jota Valtiokonttori oli rakentanut ja ylläpitänyt vuodesta 2006 saakka.

WWF myönsi 21.5.2010 Valtiokonttorin Helsingin toimipisteille Green Office -merkin käyttöoikeuden. Merkki ja siihen liittyvä diplomi myönnetään erityisen haku- ja arviointiprosessin jälkeen yrityksille ja yhteisöille, joilla on oma Green Office -kriteerit täyttävä ympäristöohjelma. Ympäristöohjelman keskeisinä tavoitteina ovat olleet energian- ja paperinkulutuksen vähentäminen sekä jätteiden lajittelun järkeistäminen.