Valtiokonttori käsittelee ainoastaan valtion viranomaisten aiheuttamien vahinkojen korvaamista koskevia kysymyksiä eikä sillä ole toimivaltaa tutkia yksityisten tahojen tai kunnallisten viranomaisten aiheuttamia vahinkoja. Lisäksi Valtiokonttorissa ei käsitellä Oikeuskanslerinviraston tai eduskunnan oikeusasiamiehen kanslian aiheuttamia vahinkoja. Eräiden viranomaisten (Puolustusvoimien toiminnan kiinteistöille aiheuttamat vahingot ja sotilaallisen kriisinhallinnan aiheuttamat vahingot, poliisi, Rajavartiolaitos, verotusviranomaiset, tienpitoviranomaiset, ulosottoviranomaiset ja Maanmittauslaitoksen rekistereiden ylläpitämisestä ja maanmittaustoimituksista aiheutuneet vahingot) osalta toimivalta esine- ja taloudellisen vahingon korvaamiseen on mainitulla viranomaisella itsellään. Valtiokonttorilla on kuitenkin toimivalta henkilövahinkojen käsittelyyn näiden viranomaisten osalta.